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Scientific Background

6개의 GC Signatures와 5개 위암 아형 사이의 상관관계 분석

500여명의 위암 환자 샘플의 발현된 유전자를 위암 분자적 특성에 따라 Inflammatory, Intestinal, Intestinal with stem feature, Gastric, Stem-like 로 아형을 구분하고 아형 특이적 유전자 965개를 선정하였습니다.

또한 아형별 발현 유전자들을 분석하여 위암의 각 분자아형의 생물학적 특성을 대표할 수 있는 6개 signature (Immune, Stromal, Stemness, Proliferative, Gastric, Intestinal)을 찾았습니다.

Spearman correlation 분석방법을 사용하여 5개 분자아형과 6개 Signature의 상관관계를 분석하여 아형별 생물학적 특성을 찾고, 이를 대표할 수 있는 186개 유전자를 선별하였습니다. (빨간색은 모듈과 아형의 상관관계가 높으며, 파란색은 상관관계가 낮음을 의미함)

5개 위암 분자아형별 생물학적 성격

6개 signature로 5개 위암 분자아형별 생물학적 특성을 분석하였을 때, immune signature의 특성을 가지면서 예후가 상대적으로 좋은 inflammatory군과 stem-like signature및 stromal signature의 특성을 가지면서 예후가 상대적으로 나쁜 stem-like군을 확인하였습니다.

GC Subtype 관련 Signature들의 설명
Inflammatory 면역조절유전자 고발현군
Intestinal 장상피분화 관련 유전자 고발현군
Intestinal with stem feature Wnt 신호체계 관련 유전자 고발현군
Gastric 위 특이적 유전자 고발현군
Stem-like EMT 관련 유전자 고발현군

예후예측 유전자 선정

위 과정에서 선별된 186개 유전자 중 샘플 방법(Fresh Frozen, FFPE)에 따라, 발현 측정 플랫폼(microarray, qPCR)에 따라, 암 이형성을 대변하는 core 위치에 따라 안정적으로 발현 결과를 보이는 28개 유전자와 5개 참고유전자를 선별하였습니다.

면역관련 세포에서 관찰되는 Immune signature가 높게 나타나면 좋은 예후가, 기질세포에서 관찰되는 Stromal signature가 높게 나타나면 나쁜 예후를 보였습니다.

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